Après les événements bouleversants liés à la première incursion des Martiens blancs sur Terre, l'Agence, un groupe secret doté d'une autorité gouvernementale illimitée, vient enquêter à Middleton. John, toujours habité par la conscience du Martien, doit parvenir à le dissimuler tout en tâchant de maîtriser ses capacités grandissantes... Mais ces chamboulements ne sont pas sans conséquence, alors qu'il a de plus en plus de mal à se consacrer à son travail, que son mariage s'effrite et que son fils, Tyler, commence à se comporter de façon inquiétante...